13世纪初叶，以铁木真为首的蒙古部族在漠北高原兴起，掀开了亚洲历史新的一页。在成吉思汗的军事进攻下，分布于阿尔泰山一带的乃曼部族被歼灭。乃曼王子屈出律于1208年逃奔西辽，1211年篡夺西辽政权，喀拉汗王朝也因末代君主在喀什噶尔被杀而宣告最终灭亡。屈出律控制了包括喀什噶尔在内的原辽属地。1251年，屈出律迁都喀什噶尔建立乃曼政权。1218年（南宁嘉定十一年）春，成吉思汗大军进击喀什噶尔，征讨屈出律。屈出律战败被杀。从此，喀什噶尔开始成为蒙古者的领地。