自从1830年玉素甫和卓叛乱被平定后，南疆保持了十七年的相对平静，这种稳定局面的取得，是以清政府对浩罕的屈辱和退让为代价的。1831年，清朝同意与浩罕重新通商，浩罕汗所任命的商约——呼岱达，可以在南疆征收浩罕商人的捐税，而作为交换的条件，则是浩罕保证不支持逃往浩罕的和卓后裔们的叛乱。

1840年以后，清政府更加腐朽，浩罕汗国也因沙俄不断入侵而加剧了内部的动荡。为了摆脱国内的困境，浩罕多次无理向清政府要求征收在南疆经商的克什米尔、印度、布哈拉等外国商人的税收，遭到清政府的严词拒绝。浩罕汗因没有满足贪欲，于是撕毁协定，重新支持和卓后裔的叛乱，企图藉此掠夺大量的财富。
　　和卓后裔在1830年那次叛乱失败以后，仍时刻梦想卷土重来，把南疆从中国分裂出去，建立一个卵翼于浩罕汗国的、由反动农奴主贵族和阿訇统治的政教合一的国家。浩罕扩张政策和和卓复辟野心的结合，就是近代历次和卓余孽叛乱的根本原因。每一次叛乱都造成人口大量死亡，田园荒芜，社会生产力倒退。叛乱是在所谓“圣战’的旗帜下进行的，农奴主煽动对宗教的狂热，使无数纯朴虔诚的信徒成为他们建立“天国”的殉葬品，伊斯兰教成了反动农奴主进行叛乱复辟的工具。叛乱虽然可以得逞于一时，但是人民终于从火与剑中清醒过来，看清了和卓带来的不是圣洁的天堂，而是血腥的地狱。叛乱的反动性，决定了它总是短命的，每次总是以失败而告终。

    1847年7月，以卡塔条勒和倭里罕和卓为首的七和卓(除上述两个和卓外，还有克齐克罕条勒、塔瓦克尔条勒、萨比尔罕条勒、阿克恰干条勒和伊善罕条勒)发动叛乱，史称“七和卓之乱”。他们从浩罕出发，纠集约一千多精壮骑兵，先后突破图舒克塔什卡伦和乌帕拉特卡伦，一路烧杀掳掠，到达玉斯图阿尔图什庄(今阿图什县小阿图什村)，胁迫大批维吾尔族居民叛乱。他们走着先辈们的老路，集中力量先攻喀什噶尔。９月１日，叛军集中马队三四千人，步队二三千人，在喀什噶尔附近之七里河，向喀什噶尔猛攻。清军战败，退入汉城(今疏勒县城)。当时城内兵力约有三千，但办事领队大臣开明阿一味守汉城，不敢出击。叛军得胜后，即攻回城(今喀什市)。居住在喀什噶尔回城的浩罕商人们，做了和卓们的内应，在卡塔条勒到达的第八天，浩罕呼岱达奈迈提(义称诺麦德罕)和他的同伙们在夜间打开城门，把和卓们放了进来。他们进城后所做的第一件事，就是杀死所有的汉族商人，抢掠他们的货物，占有他们的妻女。叛军攻占喀什噶尔回城后，一面轮番进攻喀什噶尔汉城，一面分兵窜犯英吉沙尔、叶尔羌、巴楚等地，一时反动气焰十分嚣张。清政府唯恐再次出现象1826年张格尔第三次叛乱时那种剧烈的骚扰，遂于九月，授陕甘总督布彦泰为定西将军，统大兵驻扎肃州，并授奕山为叶尔羌参赞大臣，由伊犁带兵，越冰岭赴南疆救援。当时，清政府财源困难，只求迅速平乱，“早撤粮台为要”，能将首犯活捉固然最好，即使驱敌于边外，也是上策，“断不可以必得逆裔为功，穷追力索也”。

从８月２５日到１１月１日的七十多天时间内，叛军数千人轮番攻英吉沙尔，因为这是南下叶尔羌的必经之路。英吉沙尔首当其冲，城内官兵奋勇抵抗，特别是在９月中旬，战斗更为激烈。叛军在城周先后筑立炮台十三座，挖掘地道四处，英吉沙尔依然未破。叛军攻城不克，即将附近军台、卡伦、民房全部拆毁。与此同时，叛军又窜扰叶尔羌境内，将叶尔羌所属赖里克二台、玛那特三台、阿朗格尔四台全部烧毁，杀死台兵，抢走马匹，使清军文报中断。清政府此时不得不改变方针，命原在关外待命的，由台勇统带的甘州、凉州、肃州三处官兵三千余名全数出关，以作奕山后备，并令伊犁、乌鲁木齐、喀喇沙尔被征官兵加速前进；命令前锋出奇制胜，先用奇兵绕至敌后，截其退路，再用大兵从大路进攻，声东击西，首尾夹击。这是当年平定张格尔叛乱的老方案。

９月２１日，奕山所率伊犁官兵到达阿克苏，１１月１１日，即向巴楚进军。三天后，由乌鲁木齐提督成玉所带头起官兵四百三十五名，也随之从阿克苏起程，包围巴楚的叛军闻风逃窜。１０月１２日，奕山和成玉先后抵达巴楚。当时聚集在此的兵力已达四千八百名，这支军队挨台搜索残匪，扫清道路，使巴楚及由巴楚到喀什噶尔、叶尔羌所有军台基本畅通。

    １１月１日，奕山从叶尔羌向英吉沙尔进军，行至科科热瓦特时，与叛军激战，生擒叛军八十余人，伤毙敌军千余名，缴获枪炮刀矛旗纛驼马帐房无数，取得一日三战，以五千之师，抵二万之敌的战绩。科科热瓦特战役，是这次平叛的关键一战，从此，叛军一蹶不振，没有什么大的战役。清军继续向英吉沙尔前进，在离城三十余里之苏噶特布拉克处，打退了叛军数千人的突袭，解了英吉沙尔城的重围。

    当清军从英吉沙尔向喀什噶尔进军时，“该贼匪先已闻风窜逸，尽数逃散出卡”。１１月８日，清军没有经过战斗，即克复了喀什噶尔回城，并解除汉城重围。

七和卓叛乱从七月底延续到十一月初，约有三个多月。虽然为时不长，但却给南疆各族人民造成了重大的损失。在叛乱期间，单是喀什噶尔和英吉沙尔两处受和卓胁迫迁往浩罕的各族人民就有三万七千余人，许多人被冻死或饿死在去浩罕的途中。卡塔条勒掠夺了大约十六峰骆驼载着的银子运往浩罕。但作为浩罕侵略工具的七和卓并没有好下场。当卡塔条勒饱掠财物，冒着漫天风雪大雾，裹胁大批无辜人民走到苏菲库尔干时，遇到了浩罕汗派出的头目，卡塔条勒的党徒被缴了械并被遣散到他们的家乡，而卡塔条勒本人却被当作囚犯带到浩罕。
　　七和卓之乱，暴露了清政府在新疆边防上的一些问题。例如，喀什噶尔换防官兵过去都是新兵未到，驻兵即已起程，换防又值草茂马壮的夏秋之际，叛军往往乘虚而入，致使一时得逞。又如喀什噶尔设办事领队大臣一员，换防总兵官一员，前者专管满营换防官兵及地方回务，后者专管绿营换防官兵差探及台市捕盗等事，办事领队大臣不能指挥绿营，换防总兵官不能指挥满营，所以，当叛军围攻喀什噶尔汉城时，办事领队大臣开明阿仅能调动满兵，而绿营兵因不归他统辖，不能调遣。

经过这次战乱，清政府决定驻防官兵必须等新兵到齐后才能起程；换防总兵官加帮办领队大臣衔，所有满汉各营，由办事领队大臣和换防总兵官会同办理，准其互相调遣，等等。同时，在叶尔羌、英吉沙尔、阿克苏等重镇添增当时的新式武器抬炮以增强兵力。在与浩罕的关系上，仍旧同意与浩罕继续通商。清政府认为，只要加强防卫，并继续对浩罕退让，就可以求得南疆的安全。事实上，只要浩罕仍然坚持其扩张政策，只要和卓时刻梦想卷土重来的野心不死，要取得南疆边境的安全是不可能的。