1877年5月29日凌晨，阿古柏预感到灭顶之灾已经降临，突然死于喀拉沙尔。他的死因至今也是个谜。有的说他看死神逼近，索性喝了毒酒一死了之，还有的说，此时的阿古柏已经丧失理智，歇斯底里发作，因一件小事就和管库的水吏吵闹打架，被这个小吏失手打死，等等。比较可信的是，这个双手沾满新疆人民鲜血、罪大恶极的人民公敌阿古柏，确实是死了。
    6月1日，阿古柏次子海古拉从焉音想到喀拉沙尔，为父发丧；6日，海古拉率兵携阿古柏尸体返喀什噶尔；第二天布素鲁克的侄子艾克木汗被阿古柏余部在喀拉沙尔推举为首领。
    6月23日，海古拉护送阿古柏尸体，到达喀什噶尔回城东北部30多公里的克孜勒河木桥边，阿古柏长子、喀什噶尔总督伯克胡里早已派人在此“迎候”。为了防止这个弟弟前来与自己争权夺位，伯克胡里手下的胖色提(浩罕官名，相当团长)穆罕默德·孜牙，开枪杀死了毫无思想准备的海古拉。阴谋实现后，阿古柏被葬在喀什噶尔。
    豺狼的凶残本性无可改变。就在丧钟已经敲响之后，手足相残、互相倾轧的闹剧还在继续进行，这伙强盗的灭亡是任何力量也不能逆转的。