乌孜别克族迁居新疆的历史可以追溯到很早以前。古代，两地的居民因受诸多因素，如商业往来、躲避战乱、遭受自然灾害等的影响，相互之间的迁徙早就十分频繁。
　　中亚乌孜别克族是由古代众多的隶属于不同文化实体的居民，经过长期融合而形成的。他们的祖先主要有两部分：一是从锡尔河以北金帐汗国境内迁来的游牧民，他们带来了“乌孜别克”这个称呼；二是中亚河中地区的原有居民，他们的人数远远超过前者。
　　“乌孜别克人”一词，最早来源于14世纪时大蒙古国下属的四大汗国之一——金帐汗国的统治者苏丹·穆罕默德·乌孜别克汗，《元史》中称作“月即别”或“月祖伯”。乌孜别克汗信仰伊斯兰教，在他当政期间(1312——1345年)，汗国一度十分强盛，乌孜别克汗也声名远播，所以，当时的人们就称他的国家为乌孜别克汗国，汗国军民为乌孜别克人。
　　15世纪时，金帐汗国在长期内乱中瓦解，原来作为它组成部分的白帐汗国逐步强大起来，占据了西西伯利亚和哈萨克草原的广大地区，白帐汗国境内各种操突噘语和蒙古语的游牧民，被笼统地称为乌孜别克人。15世纪末16世纪初，在昔班尼汗的带领下，大批白帐汗国的游牧民南下进入中亚农业区，推翻了当地的帖木儿王朝，先后占领了布哈拉、撒马尔罕、希瓦、乌尔根奇、塔什干等城市，成为中亚农耕地区的统治者。后来，乌孜别克游牧民放弃了游牧生活，转向农业定居，相伴进行的，就是和当地原有居民开始融合。
　　中亚当地的原有居民才是形成乌孜别克族的主体。阿姆河和锡尔河之间的河中地区，自古农业就很发达，繁衍生息着古代中亚许多土著居民，如粟特人、大夏人、塞种一马萨格特人等。公元前后，一些讲突厥语的部落迁到这里。
    6世纪后半叶，随着中亚被并入突厥汗国，大批操突厥语的游牧民迁入河中，和当地讲伊朗语的农业居民相互结合。到15世纪后期，中亚当地居民主要由操突厥语和伊朗语两部分人构成。乌孜别克游牧民南下以后，和当地讲突厥语居民逐渐结合，并融合了一部分讲伊朗语居民，最后形成了一个以农业定居为主的操突厥语的新的民族。由于乌孜别克人在政治上占有主导地位，因此，“乌孜别克”一词就成了新生民族的族名。
　　可以看到，历史上的中亚乌孜别克人一直和我国新疆地区的各族居民保持着密切的经济、文化联系，在相互交往的过程中，一部分人陆续迁入新疆，并在那里定居下来，成为我国的乌孜别克族。