突厥的生命力很强，总有“野火烧不尽，春风吹又生”的劲头。从679年10月开始，被安置在漠南单于大都护府辖下的突厥降部就断断续续地进行叛乱，拥颉利的同族之予阿史那伏念为可汗，但被唐朝派名将裴行俭镇压下去。
　　裴行俭文武全才，平阿史那伏念时大施反间计，使得伏念捆另一个反叛头目前来投降，裴行俭同意饶他不死。到长安后，权相裴炎嫉妒裴行俭的功劳，说动唐高宗把伏念杀了。唐朝的这一举动，激起了突厥人更为激烈的反抗。
　　公元682年，阿史那伏念的余党阿史那骨咄禄、阿史德元珍    召集逃亡分散的叛乱分子，占据黑沙城(今内蒙古呼和浩特北)反抗唐朝，骨咄禄自称可汗；建立了东突厥汗国。因为东突厥汗国是由投降唐朝的突厥人建立的，所以学术界又常常称之为突厥第二汗国或后汗国。这样，唐朝西北部重新出现了一个强敌，从此又恢复了烽火连天的战争局面。
　　公元691年，骨咄禄病死，他的儿子年纪太小，于是骨咄禄之弟默吸自立为汗。几乎与此同时，在中原地区，武则天作了女皇。这位女皇帝虽然严刑苛政，但也励精图治，有一番作为。不过那个与她同代的默啜，却让她伤透了脑筋。
　　公元694年初，默啜率众进犯灵州。大肆屠杀、掳掠官吏士人。武则天派18名将军领汉蕃步骑各种军队讨伐默啜。岂料默啜先行退兵，唐军出长城一无所获，劳而无功，只有班师回朝。
　　695年10月，默啜又派使者前来请求投降，武则天大喜，册封其为最高武职左卫大将军、归国公。默啜为人极为狡黠，表面上看，他在这一时期对中原王朝的政策反复无常，而实际上，他是在当时亚洲大陆上的强大政治势力间寻找机会，利用矛盾，纵横捭阖，为自己获取最大的利益。可以说，他在这方面做的相当成功。
　　公元696年，契丹首领李尽忠、孙万荣反叛，东突厥默啜上书武则天说：“我愿意当您的儿子，希望把女儿嫁到中原来，请国家把河套及其以南的突厥降户放还给突厥，我愿意马上率兵马为国家讨击契丹。”武则天同意了他的请求，派大臣阎知微、回归道去册授默啜为左卫大将军、迁善可汗。
　　然而默吸别有用心，他袭击了契丹后，又继续进攻抄掠灵、胜二州，杀人放火。突厥进攻灵州时，押着被俘的唐朝凉州都督许钦明，想让他劝告守城将士投降。许钦明到灵州城下大声呼喊，向守城将士要良酱、精米和墨，意思是让城里选良将精兵趁黑夜突袭突厥营地，可惜城里人没有明白他的隐语。突厥攻胜州，被唐朝将士奋力击退。
　　公元698年6月，武则天让他的侄孙武延秀去突厥娶默啜的女儿做妃子。她命令阎知微代理礼部尚书，带着成千上万的丝绢钱财作为聘礼，护送武延秀去突厥。哪知默吸轻蔑地说：“我女儿是要嫁给李唐皇子的，你却送了个姓武的来，这是皇帝的儿子吗?我突厥世代降附的只是李家，听说他家被消灭得只剩两个儿子了，我就要带兵拥立他们。”于是默啜就把武延秀关押起来。阎知微奴颜婢膝，马上向默啜表示屈服，默啜就封他为南面可汗，意思是让他主管中原百姓。接着，默啜发10万大军；带着阎知微进攻唐朝。
　　默啜攻隐蔚州飞狐县(今河北涞源)，于是经著名的飞狐道穿过太行山南下，攻下定州，杀刺史孙彦高及官吏、百姓数千人，焚烧房屋，将乡村聚落蔼为一空。武则天大怒，下诏宣布，谁砍下默啜的头来，立即封王，并改称默啜为斩啜。     
　　9月，默啜派阎知微去招降赵州(今河北赵县)，阎知微和突厥人在城下手拉手跳踢踏舞，唱《万岁乐》。唐将陈令英在城上对他说：“你官拜尚书，地位也不低了，还和突厥一起唱歌跳舞，羞不羞啊!”阎知微哼哼唧唧地说：“不得已啊，《万岁乐》。”
　　默啜在定、赵一带来回掳掠，坑杀百姓，唐朝名臣狄仁杰领兵   10万出击，默啜撤离；但阎知微为唐军所擒。武则天对这个汉奸毫不手软，下令将他公开千刀万剐，祖孙三代以内全部抄斩。
　　公元699年，默啜任命其子为拓西可汗，将军事活动重点放在了在西域的扩张之上。对此唐朝不能置之不理，702年，武则天在庭州(今吉木萨尔北)设立北庭都护府。然后联络草原突骑施等部落联合向突厥作战，一度令默啜疲于奔命。
　　盛极必衰，东突厥汗国最终也难逃这一历史规律。默啜到了晚年，身体衰老，而脾气更加暴躁，经常虐待部下，残酷搜刮掠夺部属，搞得部属怨恨，众叛亲离。公元716年，默啜遭铁勒九姓的拔曳固部伏击而身亡。当时唐朝的大武军子将郝灵荃正好在出使西域，他记得当年对默啜的悬赏，就拿了默啜的头回长安请功。此人钻营投机，也该他倒楣，当时唐玄宗刚即位，其宰相姚崇、宋景担心有人投年轻气盛的玄宗所好，对外发动战争以立功，所以严格限制军功赏赐。郝灵荃邀功一年多，最后好不容易才授他一个郎将(从五品上)，比他原来子将的职务(从五品下)只升了一级，郝灵荃气得吐血而死。这又成为唐征突厥中的一段插曲。
　　默啜死后，其子小可汗即位，但随即就发生了一场政变：骨咄禄的儿子阙勤特发动自己的人马，攻杀小可汗，并把小可汗的兄弟也杀得一个不剩，连亲信也统统杀光，之后拥立自己的哥哥默棘连即位，称毗迦可汗。毗迦向唐朝求和，唐应允，此后20年双方相安无事。
　　毗迦可汗死后5年，东突厥内部大乱，唐玄宗抓住机会，联络回纥、葛逻禄、拨悉密等突厥的部属，准备除掉东突厥这个边防大患。回纥在这场打击突厥韵长期战争的尾声中充任了主力，745年，回纥怀仁可汗攻杀了突厥最后一任可汗——白眉可汗，将其头献于长安。
　　东突厥汗国彻底灭亡了。突厥作为一个政治实体，在威胁唐    朝的西域统治近200年后终于退出了舞台。司马光在《资治通鉴》中写东突厥汗国灭亡时如释重负地说：“于是北边晏然，烽燧无警矣。”