喀拉汗王朝的可汗苏图克是个传奇性人物，他秘密地信奉了伊斯兰教。在一个深夜，他带领自己的数十名亲信，杀死继承他父亲汗位的叔父，成功地夺取了汗位。于是在新疆全境推行伊斯兰教、拓展帝业疆土的行动，就从苏图克开始了。
　　7世纪时，伊斯兰教由穆罕默德创立于阿拉伯半岛，不久即由海路传人我国。9—10世纪，又由陆路经中亚传人新疆地区。中亚萨尼曼王朝的王子纳斯尔因内讧失败，逃往喀什噶尔，结识了正欲夺取权力的苏图克，经过说教使苏图克接受了伊斯兰教。
　　苏图克执政后，就下令其属民改信伊斯兰教。为了加快传播，以树立其权威，还采用强制手段，对不信仰伊斯兰教的部族和地区发动“圣战”，进行武力征服。与此同时，伊斯兰教传教士又深入到农村、草原进行宗教宣传，扩大信徒。
　　960年，幸运之星降临喀拉汗王朝，当时有20万帐游牧民族皈依了伊斯兰教。就在这一年，伊斯兰教成为喀拉汗王朝的国教。力量的空前壮大，使喀拉汗王朝勇气倍增。
　　苏图克首先举起伊斯兰“圣战”的旗帜，起初在信奉佛教的疏勒(喀什)、莎车、阿图什、库车、拜城、阿克苏等地武力推行伊斯兰教，毁坏佛教寺院和一切偶像崇拜的崇教设施，彻底消灭敢于抵抗的异教徒。
　　苏图克剩下的主要对手，一是佛国于阗，另一个就是笃信佛教的回鹘高昌王国了。
　　苏图克在位的45年间，曾多次发动了对于阗和高昌的“圣战”，但直至他辞世时，仍没有取得胜利。
　　苏国克的长子木莎继位后，更是投入全部精力征伐于阗和高昌。他雄心勃勃地大举向于阗进攻，不料，于阗方面早有准备，出兵迎击于叶城一带，双方在叶尔羌河附近展开激战，双方损失惨重。于阗军队撤回本土时，喀拉汗王朝的军队紧追不舍。在一个早晨，喀拉汗王朝军队正在作礼拜时，于阗军队发动进攻，歼灭了这支军队。随后，木莎亲率喀拉汗王国大军，又在叶城南郊摆开战场，双方激战7天7夜，不分胜负。于阗军队退回，喀拉汗王朝军队不敢深入敌境，也只好收兵回营。
　　木莎死后，他的儿子阿布·哈桑继承了王位，也继承了祖、父两辈的扩张政策。当他执政伊始，就迫不及待地发动了对于阗新一轮的“圣战”。这次战争，新主哈桑虽然信心十足，率军南下，但由于对手过于坚忍顽强，进攻不得不停止在波涛滚滚的叶尔羌河北岸。
　　于阗国军队则按兵不动，处于守势，等待反击的机会。这样虽然使于阗佛教香火得以延续，国土得以保全，但声势浩大的“圣战”锋芒一直指向于阗，这使得于阗举国上下忧心忡忡，惶惶不可终日。
　　966年，于阗王李圣天辞世，继位的几代于阗国王都坚持李圣天的国策、遗规，时刻警惕着来自喀拉汗王朝的威胁。969年，喀拉汗王朝的都城喀什噶尔爆发了武装起义，在反抗伊斯兰化的佛教徒的策应下，于阗军队轻而易举地攻人喀什噶尔。这一胜利使于阗国上下欢 欣鼓舞，于阗王向沙州曹氏政权写信报喜称：我们已攻下疏勒(喀什噶尔)城，该地居民期望归顺。我们从敌人手里俘获了他们的妻子家眷，还得到了大象、良马等财物。至于粮食，则由我们派出人员运送，因为那里人口密集，粮食总不够吃等等。这封信中所称大象，与  《宋史》中“得舞象一，欲为贡”的记载相吻合。
　　好景不长，喀什噶尔很快又被喀拉汗王朝夺回，两国再次处于旷日持久的拉锯状态。
　　喀拉汗王朝对于阗的“圣战”毫无战绩可言，对高昌回鹘王国又鞭长莫及，于是便开始向西扩张，翻越葱岭攻打中亚的萨曼尼王朝。哈桑的军队果然是横扫千军，所向无敌，连连攻下了费尔干盆地和撒马尔罕、布哈拉两座名城，萨曼尼王朝崩溃。
　　富有戏剧性的是，于阗军队趁哈桑率军西征的时机，从背后向他发动了进攻。正沉浸在胜利喜悦中的哈桑不得不挥师东返，仓促应战。出人意料的是，哈桑在英吉莎一带与于阗军队征战的疆场中，于998年战死于此。于阗军队乘喀拉汗王朝最高统帅阵亡之际，一鼓作气，再度攻占了喀拉汗王朝的都城喀什噶尔。这一结局，出乎双方的意料之外。
　　哈桑的侄子玉素甫·喀迪尔汗在撒马尔罕抢先继承了王位。
　　999年，玉素甫·喀迪尔汗招募了来自巴格达、波斯、印度及中亚的雇佣军。这支号称14万之众的伊斯兰军队，铁马金戈，势如狂飚，很快收复了喀什噶尔。
　　于阗军队多处设防，顽强抵抗，但都被雇佣军相继击破。最终，雇佣军兵临于阗城下。于阗将领乔克和努克，拒绝改变信仰，率领一部分军民向昆仑山退去。喀拉汗王朝的雇佣军不战而胜，顺利占领了于阗。
　　但是，战争并没有结束。于阗将领乔克和努克兄弟，在昆仑山中与追击的外国雇佣军进行了殊死的搏斗。由于雇佣军不熟悉昆仑山中的地形，常常不知方向，屡屡受到于阗军队的袭击，伤亡十分惨重，士气空前低落。
　　在策勒南部山区，双方又一次遭遇。战斗前夕，雇佣军为了鼓舞士气，举行了一次大型礼拜。于阗军队利用他们作礼拜的时机，发起突然攻击，大战散乱的礼拜人群。雇佣军在礼拜时没有必备的武器，又来不及备马，所以出现一片慌乱的局面。结果，这批外国雇佣军被于阗军队彻底歼灭。雇佣军的覆灭，使喀拉汗王朝在于阗的胜利化为泡影，不得不撤出于阗。
　　1005年，喀拉汗王朝恢复了活力。先是出兵向阿姆河南岸的萨曼尼王朝发起突袭，进而又重新向于阗国展开攻势。
　　喀拉汗王朝对萨曼尼王朝的战事以失败而告终。但它在于阗的战争取得了胜利，于阗都城被占领。1006年，喀拉汗王朝征服了于阗全境。
　　于阗的佛教寺院被焚烧，佛像雕塑泥胎被毁坏，经卷文书散失殆尽，佛教僧侣被赶杀，有少数的逃往西藏和青海。
　　1008年，喀拉汗王朝从于阗向宋朝派去了罗斯温为首的人贡使团。从而在我国汉文文献中，留下了有关喀拉汗王朝的文字记载。《宋史·于阗传》中说：“大中祥符二年(1009)，其国黑韩王遣回鹘罗斯温等以方物来贡”。“黑韩”、“黑汗”都是“喀拉汗”的汉语意译。说明这时于阗已归属喀拉汗王朝统辖。宋真宗赵恒向于阗使者问：“在路几时?”回鹘人罗斯温回答说：“涉道一年。”可见喀拉汗王朝占领于阗后，深知于阗与中原王朝的关系源远流长，于阗受汉文化的影响根深蒂固，所以在占领后不久(1008)就选派于阗回鹘人罗斯温为使团首领，赴朝廷贡献方物，表示友好。
　　从此，于阗国开始了伊斯兰教和伊斯兰文化的新纪元。佛教香火断绝，钟鼓噤声，隆盛1000多年的佛教帜幡，终于在11世纪彻底降落了。