准噶尔被平定了，但从准噶尔贵族手中解脱出来的天山以南地区并未就此太平，因为“大小和卓”之乱旋即又起。明朝末年，天山以南产生了和卓的势力。“和卓”二字，是阿拉伯语的译音，意为“圣人的子孙”，所以，凡是和卓都认为自己是伊斯兰教创始人穆罕默德的后裔。据说，天山以南的第一个和卓名叫玛墨特，是16世纪从撒马尔罕迁来的，深得察合台汗后裔的信任。玛墨特死后，他的两个儿子在宣传教义上产生分歧，长子伊敏创立了白山派，次子依沙克创立了黑山派。
　　17世纪中叶，伊斯兰教在天山以南占据绝对统治地位，和卓在教徒中的影响和权力也越来越大，察合台后裔大权旁落，很不甘心。当白山派和黑山派的斗争激化时，察合台汗伊斯玛也勒积极支持黑山派打击白山派阿柏克和卓，企图收回一部分权力。
　　阿柏克逃到西藏，求助于达赖喇嘛。达赖写信给噶尔丹，求他帮  助阿柏克。噶尔丹就借势出兵，废除黑山和卓，扶立阿柏克和卓为傀儡，将天山以南置于自己的统治之下。到噶尔丹策零时，白山和卓阿哈玛特不甘永作傀儡，就起事反抗，但被噶尔丹策零击败，连同大儿子博罗尼都、小儿子霍集占一起被软禁起来。清军平定达瓦奇后，将他们救出，然后让博罗尼都统治天山以南，让霍集占在伊犁掌管当地的维吾尔族。他们俩就是历史上的“大小和卓”。  
　　大小和卓在清朝的帮助下才一跃从阶下囚变为天山以南地区的统治者，但他们却忘恩负义，先后背叛了清廷。先是小和卓追随阿睦尔撒纳叛乱，失败后潜逃回新疆天山南部地区，打着“反对异教徒”的口号煽动反清叛乱。大和卓最初还犹豫不定，认为清政府“恩不可负”。但小和卓很快网罗和胁迫了一批军政显要人物和白山派信徒，形成了以自己为核心的反动势力，大和卓经不住狂热的宗教蛊惑，最终也成为叛乱首领。
　　公元1757年，小和卓在库车打出“巴图尔汗国”的旗号，自称“巴图尔汗”，与已经统一新疆的清朝中央政府决裂，发动叛乱。喀什噶尔、叶尔羌、和田、阿克苏等地先后卷入。库车的阿奇木伯克鄂对反对叛乱，逃往伊犁投奔清军，残酷的小和卓下令捕杀了鄂对的全部家属。     
　　清朝对付“大小和卓”的办法是“先软后硬”。先派招抚使前去招降，小和卓将招抚人员全部杀害。这一来，清朝就完全将叛军置于不义之地。
　　1758年，清政府派出平叛大军，先以雅尔哈善为将军，后来此人因贻误战机被斩，便改派在平定阿睦尔撒纳战役中立功的大将兆惠领兵进剿。
　　是年秋天，兆惠统兵4000进攻叶尔羌，在城东喀喇苏河边扎营，喀喇苏河译成汉语就是“黑水”，所以这支军队称为黑水营。由于后继部队未能及时赶上，黑水营遭到大小和卓军队的围困，但是久攻不下。这支清军缺少弹药，兆惠就定下“草船借箭”的妙计，他让部下故意引诱敌人开枪放炮，使枪炮都打在树上，然后清军砍树当柴，挖出铅弹数万颗，从而解决了弹药问题。黑水营真是福星高照，在他们耗尽粮草后，居然在挖水渠时挖到了先前维吾尔人民为防止准噶尔贵族抢劫而窖藏的粮食，因此固守3个月，毫发无损。
　　1759年1月，清朝援军到达，大破叛军，大小和卓战败分别逃窜至喀什噶尔和叶尔羌。1759年夏，清军“宜将剩勇追穷寇”，分兵直取叶尔羌和喀什噶尔。大小和卓自知大势已去，疯狂抢劫当地人民后，逃往巴达克山国。巴达克山国国王苏勒坦沙将大小和卓擒住处死，同时遣使向清朝表示归附。大小和卓贪心不足，意欲分裂祖国，最终  只能落个身首异处。
　　在反对大小和卓的分裂主义的过程中，有一位少数民族领袖人物发挥了巨大的作用，他就是当时的吐鲁番郡王——额敏和卓。额敏和卓坚决拥护祖国统一，在清政府征讨大小和卓时，屡立战功，被封为镇国公。额敏和卓逝世后，公元1778年，其子苏来曼建造了一座塔来缅怀他，此塔名为“额敏和卓报恩塔”，又名“苏公塔”，位于今吐鲁番市区以东2公里处。苏公塔下是吐鲁番最大的清真寺，与古塔浑然一体。苏公塔是新疆各民族团结的象征，同时也将永远激励各族人民为维护祖国的统一而共同奋斗。