清代康熙，乾隆二帝，为了中国天下一统，先后出兵西征，平定了准噶尔部噶尔丹的叛乱，攻取了伊犁，接着又平定了南疆。1759年12月，清朝政府正式向国内外宣布，将西域正式改名为新疆。
　　清朝政府在新疆设立了伊犁总统将军和总统将军府，并在各地设立军事、行政机构。管辖范围包括巴尔喀什湖以及帕米尔在内的广大地区。清朝时期的地图明确标示，中国的西部边界在巴尔喀什湖。当时的斋桑湖，伊塞克湖都是中国的内湖。也就是说帕米尔高原以西的一片广阔地区，原来都是中国的领土，属伊犁总统将军府管辖。
　　1840年鸦片战争的隆隆炮火，打破了中国大地古朴田园生活的平静，也打开了与世隔绝、千年封闭的中国大门。一个古老的封建帝国，一时间沦为半殖民地、半封建的国家，成为帝国主义列强奴役宰割的对象。英、法等国从海上大肆侵犯中国。
　　睡在中亚大陆旁边的北极熊沙皇俄国也不甘落后，蠢蠢欲动，把侵略的魔掌伸向中国新疆及西部广大地区。鸦片战争之前，沙皇俄国就已侵占了我国西北部的斋桑湖地区和浩罕、布哈拉等中亚小汗国。趁鸦片战争中国处于劣势的境况，沙俄出兵占领了中国的巴尔喀什湖东南的塔拉塔勒河、伊犁河等七河地区。由于沙皇军官宣称，对中国要用大炮来发言，所以迫使中国清政府签订了《伊犁、塔尔巴哈台章程》，沙俄得到了在伊犁、塔城地区的通商，贸易免税，自由居住，传教等特权。
　　沙俄在鲸吞了我国的古尔班玛图(今阿拉木图)等地之后，进一步强占伊塞克湖和巴尔喀什湖以东以南地区，深入中国境内750公里，割去我国这片领土上的许多地方。现在划入吉尔吉斯斯坦和哈萨克斯坦等国的四十四万多平方公里的中国领土，就是在1864年归属沙皇俄国的。这时的中国，正处于苦难交加的时期。
　　就在1864年，清朝在沙俄军队的炮口下被迫签订丧权失地的《中俄勘分西北界约记》的同时，新疆各地也卷入了太平天国运动和陕甘回民起义影响下的各民族反清起义浪潮。
　　封建宗教头目趁机而起，新疆出现了割据纷争，各自为王的混乱局面。