喀什噶尔由伊斯兰教白山派首领马木提艾来木占据称王。不久，柯尔克孜族部落头目司迪克，联络回族封建主金相印，在混乱中夺取了喀什噶尔，由司迪克称王。马木提艾来木致书中亚的浩罕汗国，欲借助外部势力驱逐司迪克。
　　司迪克也有同样的想法，派出金相印亲自到浩罕进行联系，想把流亡浩罕的黑山派和卓后裔请回喀什噶尔，对抗白山派首领马木提艾来木，以增强自己的政治实力。不料，此举的后果不堪设想，它造成新疆又一场毁灭性的大灾难。
　　阿古柏全名为穆罕默德·阿古柏，1820年生于浩罕汗国的匹斯坎特镇。他在浩罕动荡的政局中以投机钻营、玩弄权术著称。此次，阿古柏被封为“库什伯克”(地位仅次于艾米尔的高级军职)，委以“拉什卡尔巴什”(意为总司令)，名义上是随布素鲁克从塔什干出发东进，实际的任务却是挟和卓后裔入侵新疆。
　　1865年1月，阿古柏在浩罕纠集了68名亲信骨干，由金相印引路，“护送”布素鲁克入侵喀什噶尔。他们借和卓后裔布素鲁克的名义，沿途不断纠合各类人员加入侵略队伍，当深入到距喀什噶尔70公里的明约洛卡伦时，这支入侵军已初具规模了到了喀什噶尔，司迪克将布素鲁克迎入喀什噶尔回城，但对阿古柏的到来大为不满。而阿古柏则利用群众对和卓的盲目崇拜来骗取支持，首先，他把布素鲁克扶上汗位；然后，他反客为主，把司迪克及其追随者逐出了喀什噶尔。司迪克被逐后，回到家乡帕拉吉地方(今属新疆阿克陶县)，聚集了7000多人，进攻喀什噶尔,但是引狼入室、自食其果的司迪克，很快被阿古柏匪帮击败，被迫逃亡塔什干。
　　阿古柏在喀什噶尔回城立足之后，便向四处伸出侵略的魔爪。这时，恰好叶尔羌城阿奇木伯克尼牙孜受到当地回民军和库车热西丁和卓势力的联合围攻，便向喀什噶尔的布素鲁克求教，于是阿古柏乘机带领一支数百人的入侵军开进叶尔羌。在叶尔羌城外，回民军和库车联军以优势兵力向阿古柏发起了进攻，他们高喊着“杀死安集延人”的口号(安集延是浩罕汗国的一个城市,当时人们把浩罕人称为安集延人)，致使阿古柏军队遭到惨重失败，几乎全军覆没。死里逃生的阿古柏率领残兵败将连夜赶往喀什噶尔。
　　阿古柏惨败于叶尔羌，他的部下却得逞于英吉沙尔。阿古柏率败军退至英吉沙尔，协同已攻克回城的入侵军加紧围攻汉城。4月11日，守城清军开城投降，英吉沙尔遂成为阿古柏入侵南疆后以武力攻占的第一座城池。英吉沙尔的陷落大大助长了入侵者的气焰，同时也使阿古柏控制了喀什噶尔至英吉沙尔地段，取得了战略回旋余地。阿古柏一面把“胜利”的消息和一份“战利品”送往浩罕请功；一面按浩罕的旨意，让布素鲁克“照帝王规则”正式登基称汗，以掩饰其侵略者的面目，为进一步扩大入侵做准备。
　　1865年秋，阿古柏率兵向被围困了一年多的喀什噶尔汉城发动总攻。此时，一伙在宫廷倾轧中失利的浩罕官员在玉努斯江的率领下，指挥7000多名入侵军亡命喀什噶尔，他们同时还挟持着倭里罕、买买的明等和卓后裔。经过一番简短的权衡和犹豫，这一批入侵者决定与阿古柏合流并随即加入攻城战役的最后阶段。得到了这批残兵败将后，阿古柏大大地增加了侵略本钱，于是，他的丑恶嘴脸也变得越发狰狞了。
　　9月1日，清军绿营守备何步云向阿古柏投降，阿古柏军队进城后，居然纵兵屠城7日，城内各族居民惨遭杀戮，血流成河。   
　　玉努斯江的到来，向阿古柏宣告了主子毛拉阿里木库里之死，而事实上，此时的浩罕汗国也已在沙俄的兼并和内部的倾轧中迅速瓦解了。由于返回浩罕已绝无可能，这就促使阿古柏决心在新疆建立自己的统治王国。对阿古柏来说，他会不惜使用任何残暴手段来达到这一卑鄙目的。
　　1866年6月，阿古柏联军第三次进犯叶尔羌。此时，以伊斯哈克为首的库车军已在叶尔羌布防，回、汉两城守军共2万多人准备迎击敌军的进犯。汉城内回民守军提议与库车军及占据着叶尔羌回城的阿奇木伯克尼牙孜等联合夜袭敌营，不料尼牙孜秘密派人先向阿古柏告密。联军劫营部队中了埋伏，损失惨重。不久，伊斯哈克与汉城回族民军头目先后投敌，阿古柏遂占领了叶尔羌。
　　1866年11月，阿古柏率军进至叶尔羌与和田交界处，即令停止前进。他假借布素鲁克和卓名义写信给割据和田的帕夏.艾比布拉，请求准许他到和田朝觐圣人陵墓——乌鲁克麻扎。艾比布拉出城相迎，立即被阿古柏逮捕，俘送叶尔羌监禁。阿古柏诈取和田后，入城布置兵力。和田人民见情形突变，奋起反击，拼死抵抗，甚至连妇女也参加了战斗。侵略者的屠杀持续了一个多月，和田人民不屈的反抗斗争也坚持了一个多月。据记载，5万多和田军民惨死于阿古柏的屠刀下，护城河及所有沟沟坎坎都填满了尸体，其景象惨不忍睹。
　　1867年5月，阿古柏向热西丁和卓发动了攻势。首战阿克苏，乌什依鄯教派头目不战而降，阿古柏军占领了阿克苏城。入侵军遂长驱直人，偷袭牙依德(今拜城县西察而其)，招降了哈木丁率领的库车援军，夺取拜城，攻占赛里木、黑孜尔(今克孜尔)据点，兵临库车城。库车守军虽然连续重创了入侵之敌，但因孤城难支，终陷敌手。库车人民英勇不屈，继续坚持战斗，杀伤敌人无数，阿古柏之子胡达·胡里·伯克就丧生在库车城下。由于寡不敌众，库车城最后被阿古柏占领，热西丁和卓也被俘处死。入侵军占领库车城后，驻守喀喇抄尔的伊斯哈克(前被阿古柏从叶尔羌放回)献城投降，最后一批库车军民被出卖了。至此，南疆方圆4000余里国土沦人外寇的铁蹄之下。
　　在两年半的时间内，阿古柏终于靠着惯用的阴谋欺骗、贿买诱降、军事袭击以及疯狂的血腥屠杀等卑鄙手段，侵吞了塔里木盆地周围的各个绿洲。1867年2月在进攻库车前，他就迫不急待地废黜了布素鲁克汗，并自我陶醉地自封为“巴达吾来特阿孜”，意思是“洪福之王”。按当时中亚对南疆的习惯称呼，阿古柏建立的反动统治被称为“哲德沙尔政权”。(“哲德沙尔”是维吾尔语七座城市的意思，即喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和田、阿克苏、库车和乌什)。
　　1869年，阿古柏以朝圣为名，把布素鲁克和卓逐出新疆，又把买买的明和卓及其弟用毒药灌死。投靠外国冀田在外国的卵翼下分裂祖国的和卓后裔，终于死在外国主子手中，这是古今历史上此类人物的一贯下场，可谓死有余辜。
　　1870年3月，阿古柏继续东进，首先进犯吐鲁番。吐鲁番军民齐上阵，迎头痛击侵略军，一举歼灭敌军几千人．并且对大败而逃的敌人穷追不舍，一连收复了库尔勒、库车和拜城，取得抗击阿古柏斗争的重大胜利。因吐鲁番军民领导人缺乏彻底打击入侵者的决心，没有乘胜追击到底，自动从库车撤回，这就给了阿古柏重整旗鼓的机会。
　　阿古柏回到阿克苏大杀回族人民，滥施报复，然后又集结兵力，卷土重来，接连攻陷数城，再次逼近吐鲁番。吐鲁番人民英勇抵抗，从5月到11月的半年时间内，共消灭敌军3.3万人。但由于阿古柏利用挑拨离间、分化瓦解等手段，破坏了吐鲁番各族军民的团结，吐鲁番守将马仲于11月1日开城投降，出卖了吐鲁番军民的抗战成果。这件事，引起了阿古柏侵略集团内部的尖锐冲突。侵略军中的吉尔吉斯官兵拥布京鲁克和卓等西窜，策划袭取喀什噶尔，离开阿古柏，自立为汗。阿古柏闻讯连夜疾驰返回喀什噶尔，攻城41天，镇压了兵变，秘密处死了蛋里罕，又将布素鲁克软禁于英吉沙尔，铲除了内部的异己势力，站住了脚跟。
　　阿古柏占领吐鲁番后于11月21日，进攻乌鲁木齐。“清真王”妥明组织了号称10万的各地回族民军出城迎战，并主动向阿古柏发动了进攻。但由于指挥不当，战斗最终失利。阿古柏随即对乌鲁木齐各族人民进行疯狂屠杀，这个杀人成性的恶魔居然下令见中国人就杀，小孩、俘虏一个不留。妥明被这种血腥屠杀吓破了胆，将各族兵民弃之不顾，于11月下旬开城投降。阿古柏接着又派兵袭取了玛纳斯。至此，整个天山以南的广大地区和天山以北的部分地区就相继处于阿古柏侵略军的统治之下。
　　自1886年阿古柏入侵新疆以来，新疆各族人民英勇抗敌，前赴后继，不断进行反抗侵略者的斗争。但由于各地封建割据头目大多只关心保护自己的势力范围，彼此各自为政，不能一致对外，有的贫生怕死，临阵败退，有的甚至认贼作父，拱手出卖祖国河山。致使人民抗击侵略者的斗争遭到失败，造成新疆千里领土沦陷，数百万同胞被蹂躏的历史悲剧。