浩罕军官在侵略新疆的过程中，竭力投靠俄、英两国，希望两国都能支持他的侵略行径，面俄、英在中亚及世界范围内的激烈争夺，也使他们各自从事国利益出发，对阿古柏政权采取了拉拢和扶植政策。1866年，阿古柏与沙俄政府达成非正式协议：双方不干涉对方行动。阿古柏与沙俄签定了《俄国与喀什噶尔条约》，条约规定俄国承认阿古柏为“哲德抄尔”领袖。
　　阿古柏与英国勾结得更加紧密。1869年他派人赴印度与英国当局挂钩，次年，再派人赶印度，并带去致英国女王及印度总督的信。英印当局则派弗赛斯等人多次潜入喀什噶尔活动，并以大批枪支弹药装备阿古柏的军队。1874年，英国与阿古柏签订丁(英国与喀什噶尔条约)，条约规定英军承认阿古柏为喀什噶尔与叶尔羌的“艾米尔”，阿古柏则给予英国更优于俄国的特权：允许英国在喀什噶尔设“大使”、“领事”，并可以“置产”。
　　与此同时，阿古柏又企图通过奥斯曼帝国用伊斯兰救国家的宗教影咱和政治影响来巩固他对新疆的统治。他遣使前往朝见奥斯曼帝国苏丹，表示愿意奥斯曼帝国为“哲德抄尔”的宗主国。奥斯曼苏丹也封阿古柏为“米拉胡尔比什”(即“艾米尔”)，并送给他大批武器。
　　阿古柏建立的“哲锦沙尔”政权，是依靠封建神权进行殖民统治的。在政治上，实行阶级压迫和民族歧视的政策；在思想上，利用伊斯兰教来维护其统治；在经济上，实行军事封建采邑制。“哲德沙尔”政权在各地的执政者----阿奇木伯克，其中绝大部分是跟随阿古柏入侵新疆的浩罕人，也有少数是本地民族上层统治阶级中的投降派。阿古柏为了镇压新疆人民的反抗除建立6．6万人的常备军外，还在各地设有警察和特务组织。
　　阿古柏打着伊斯兰教的旗号，把侵略战争鼓吹为伊斯兰圣战，在占领区内又把宗教变成他统治人民的工具。他随意扩大宗教寺院的占地面积，兴建大批清真寺、宗教学校和麻扎(宗教显贵的墓地)，并赋予宗教头目极大的权力，以此来笼络和收买一些宗教头目。
　　他以宗教统治代替行政管理，废除清朝政府在新疆推行的法令、法规和行政制度，一切都以伊斯兰教法典《沙里阿特》为根据，在城乡普遍设立宗教法庭，“哈孜”(宗教法官)根据《沙里阿特》进行审判，可以用任何借口处罚劳动人民。“拉伊斯”(检查执行宗教法规的人)的皮鞭，可以随意抽打人民。妇女被迫戴上面纱，否则，将受到鞭打。同时，阿古柏封闭和捣毁佛教寺庙，强迫不信仰伊斯兰教的群众信仰伊斯兰教，提出杀“卡甫尔(异教徒)”的反动口号，为此，被杀害的汉族和满族人民达4万人之多。事实上，即使是伊斯兰教倍奉者，也同样遭到阿古柏的血腥屠杀。在和田，就有5万维吾尔人被杀；在乌鲁木齐，连妥明派去感化阿古柏的几百名手捧《可兰经》的儿童也惨遭杀害。
　　在社会经济方面，阿古柏实行的是军事封建采邑制。他把强占的城乡土地分封给他的大小爪牙，各级文武官吏的奉禄，直接取自于被封领地内的劳动人民，官吏们在自己的统治区内可以任意向劳动人民索取钱财，并强迫人民从事无偿劳动。各地的赋税种类繁多，而且税率汉有定额，他们想征收什么，就征收什么；想征收多少，就征收多少。如伊斯兰教规定征收的乌尔(农业税)，原定税率是收获量的10％，后来却增加到30％。为了向百姓强征苛捐杂税，各地都拥有一批税吏，多的达500--600名，最少的也70－80名。阿古柏本人对于财富的占有更是贪得无厌，他不择手段地对人民进行搜刮。除各地的阿奇木伯克要向他进贡金钱财物外，他还将侵占的土地作价出卖，所得金钱全归阿古柏本人。第二年，他又派人以“调查”为名，将出卖过的土地硬说成是新垦的耕地，再次作价出卖，再掠取一笔金钱。对于阿古柏这种敲骨吸髓的剥削行为，当地人民十分愤慨，他们骂阿古柏“将七层地皮都卖完了”。在阿古柏的统治下，新疆各族人民遭受了空前的浩劫。劳动人民创造的物质财富，搜刮殆尽，广大人民群众终年不得温饱，过着极其贫团的生活，许多人家破人亡，流离失所，新疆的社会经济遭到严重的破坏，甚至出现了买卖奴隶的历史倒退现象。阿古柏则在新疆各族人民的尸骨上，筑起了寻欢作乐的“天堂”。他们随心所欲地挥霍着剥削来的财富，过着穷奢极欲的生活，阿古柏的行宫就遍布各地，在喀什噶尔、阿克苏、叶尔羌、吐鲁番、托克逊等地都有建筑豪华的宫殿，他还掳掠600多名各族妇女充当后宫。毛拉木沙在《伊米德史》中写道：
　　“他们成天骑着高头大马，挥霍金银，吃着人间少有的饭菜，携带女人随心所欲地干着各种丑事。”当时，有一首流行的柯尔克孜族民歌，歌词大意是：“黑色的猫头鹰在头顶上惨叫，罪恶的战火在草原上燃烧，柯尔克孜人的家乡流着鲜血，大地母亲，为她的儿子在痛苦号啕，号啕——痛哭——痛哭——号啕，灰色的恶狼在白骨堆上嚎叫，阿古柏的马队像狂风在咆哮，柯尔克孜人的太阳是谁抢去了，大地母亲，为她的儿子在痛苦号啕。号啕——痛哭——痛哭----号啕……”这首歌反映了阿古柏的残酷统治和在黑暗岁月中的人民悲愤的心情。
　　阿古柏的暴虐统治，引起了新疆各族人民的不断反抗，其中对阿古柏的统治打击最沉重的是乌鲁木齐地区的武装斗争。1871年5月，乌鲁木齐民团首领徐学功联络各地民团向入侵军发起进攻。一战收复乌鲁木齐满城。进而围攻汉城(迪化)。生擒阿古柏的傀儡头目马仲。9月间古柏再次纠集1万人马二次入侵乌鲁木齐，徐学功抵抗失利，退出了汉城。1872年2月，乌鲁木齐回族人民起兵反抗，他们与汉族民团徐学功等部联合，向盘踞乌鲁木齐的敌军发动围攻。阿古柏遣其长子率军第三次入侵乌鲁木齐，一路烧杀劫掠。于是，阿古柏侵略势力在乌鲁木齐、玛纳斯一带又得逞一时。
　　人民的武装斗争虽然失败了，但是，新疆各族人民要求摆脱苦难，盼望得到内地人民的支援和帮助的心情却更加边切了。据毛拉木抄在《伊米善史》一书中记载说：“南疆维吾尔族人民在街头巷尾成群结伙地在一起议论着“汉人就要来了”的消息，不知这些稍息是真还是假，人们总是按照自己的心愿编织出许多故事，以悦人心，更悦己心。”而此时，清朝政府也已逐渐认清了阿古柏的侵略本质及其巨大的危害性。用武力讨伐阿古柏的提案上了清朝政府的议事日程。